Agustin empezo jugando desde muy chiquito en el Club El Fogon de Marmol, formando una pareja increible junto al Toti Rios en aquella categoria '82. Pelle, llego al Lanús a los 18 años y rapidamente le saco el puesto a Giannunzio, una de las promesas granates. Debutó en la primera División de Argentina en 2003. Formó parte activa del plantel hasta el Torneo Apertura 2005 cuando el entrenador Néstor Gorosito lo apartó del equipo considerándolo "prescindible". A pesar de esto, Pelletieri permaneció en la institución y volvió a formar parte de las alineaciones titulares con la llegada de Ramón Cabrero en reemplazo de Gorosito. Desde entonces se afianzó en su puesto y ha sido pretendido por los clubes más importantes de la Argentina. En 2007 fue una de las piezas fundamentales en el primer campeonato nacional que ganó Lanús en su historia, el Torneo Apertura 2007. El 28 de agosto de 2008 fue cedido a préstamo por un año al AEK Atenas de Grecia.
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